Na Warmii i Mazurach od wielu stuleci Matka Boża odbierała cześć w sanktuariach Jej poświęconych. Przez stulecia wierni z Warmii pielgrzymowali do słynących cudami miejsc, między innymi Stoczka Klasztornego, gdzie czczona jest Matka Boża Pokoju.

Początki kultu maryjnego sięgają czasów średniowiecza, ale są mało znane. Prawdopodobnie dwie dziewczynki grabiące siano na łące nieopodal Stoczka, znalazły w pniu starego dębu figurkę Matki Bożej. Na miejscu tego wydarzenia wzniesiono kapliczkę.

Powstanie sanktuarium w dzisiejszej formie związane jest z sytuacją polityczną Polski w XVII w. w tym czasie Polska była nękana wojnami z Rosją, Turcją i Szwecją. Północne krańce Polski, w tym również diecezja warmińska, ucierpiały dotkliwie od Szwedów. Szwedzi ograbili te ziemie z dóbr materialnych i kulturowych. W 1629 r. zawarto rozejm sześcioletni w Starym Targu, a działania wojenne zawieszono. Jednak nadal wiele miast wraz z Fromborkiem znajdowało się pod okupacją szwedzką. W tych okolicznościach podjęto decyzje o budowie świątyni. O. Schil tak to wspominał: "Najłaskawszy Król (Władysław IV) chcąc tej klęsce zapobiec, wezwał na naradę Czcigodnych Biskupów, aby wskazali, w jaki sposób przebłagać Boży Majestat i uspokoić burzę. W imieniu wszystkich dostojników zabrał głos Najdostojniejszy Biskup Warmii i Sambii – Szyszkowski. Radził wznieść w jego diecezji, na miejscu wskazanym przez Boga, Świątynię Pokoju na cześć Pani Nieba. Ten projekt spotkał się z powszechnym aplauzem". Kolejny traktat pokojowy, zawarty 12 września 1635 r. ze Szwecją w Sztumskiej Wsi, dający 26-letni rozejm, na podstawie którego Polska odzyskała ziemie Pomorza i w Prusach bez działań wojennych, biskup uznał to za łaskę Opatrzności Bożej. Czuł się zobowiązany do wypełnienia swego ślubu. Rządca diecezji warmińskiej wybrał Stoczek na budowę kościoła.

Po wybudowaniu świątyni w 1641 r. do kościoła sprowadzono kopię obrazu Matki Boskiej Salus Populi Romani (Zbawienie Ludu Rzymskiego), pochodzącego z Rzymu z Bazyliki Matki Bożej Większej. Opiekę nad sanktuarium biskup powierzył zakonowi ojców bernardynów. Świątynię wybudowano w stylu barokowym, w formie rotundy. Koronacji obrazu dokonał bp Andrzej Załuski 16 lipca 1700 r., nadając świątyni tytuł Nawiedzenia NMP. Kult Matki Bożej z każdym rokiem stawał się coraz popularniejszy. Powiększono klasztor, w którym pod koniec XVII w. mieszkało 12 ojców i kilkunastu braci. Sanktuarium rozbudowano także przy wsparciu finansowym biskupa Teodora Potockiego. W latach 1708-1711 świątynię otoczono krużgankami. W czterech narożnikach umieszczono kaplice; w północno-wschodnim kaplicę Krzyża św., w narożniku północno-zachodnim kaplicę św. Kajetana (obecnie znajduje się nowsza rzeźba), w południowo-wschodnim kaplicę św. Walentego, a w południowo-zachodnim kaplicę św. Jana Nepomucena (obecnie znajduje się tu krzyż i rzeźba przedstawiająca św. Franciszka).

W roku 1712 rozbudowano świątynię, dobudowano prezbiterium, a nad całością umieszczono wysoką wieżę, na które zawieszono dzwony. Ołtarz wykonał Krzysztof Peucker, twórca świętolipskiego ołtarza. Umieszczono w nim obraz przedstawiający Matkę Bożą Pokoju. Kolejnym etapem prac na terenie sanktuarium stało się powiększenie klasztoru, który rozbudowano w latach 1716-1717. Zabudowie klasztornej nadano wówczas nową formę w kształcie podkowy.

W czasie prac ze szczególną troską urządzono wówczas zakrystię klasztorną. Do dziś zachowała się wspaniała komoda z XVII w., ozdobiona obrazami przedstawiającymi franciszkańskich świętych, lawaterz do obmywania rąk, gotycki krzyż oraz monstrancje z XVII i XVIII w., a także wielki zegar szafowy z 1749 roku. Maciej Meyer w 1736 r. na sklepieniach krużganków namalował sceny ze Starego Testamentu, a Krzysztof Perwanger, rzeźbiarz tyrolski, w 1734 r. wykonał do krużganków stacje Drogi Krzyżowej w formie płaskorzeźb, natomiast świątynię ozdobił figurami drewnianymi św. Franciszka z Asyżu i św. Piotra z Alkantary. Podziwianą ozdobą świątyni jest ambona z żelaza, dzieło Hermana Ketenbringka z Dobrego Miasta, oraz kuta w żelazie balustrada z 1756 r.

Stoczkowski klasztor w wyniku dekretu kasacyjnego z 30 października 1810 r. przejął skarb państwa. Po szesnastu latach od wprowadzenia dekretu kasacyjnego, 4 kwietnia 1826 r., w obecności tysięcy wiernych władze pruskie zamknęły sanktuarium. Wiele dzieł sztuki uległo w tym okresie rozproszeniu, a w samym klasztorze władze pruskie urządziły szkołę elementarną, natomiast kościół stał pusty i niszczał.

W wyniku usilnych starań rządcy diecezji warmińskiej, bpa J. Hohenzollerna, władze pruskie zgodziły się oddać Kościołowi zniszczoną świątynię. Po wielu latach pierwszą mszę św. odprawiono 30 marca 1841 r. przy udziale tysięcy wiernych. Sanktuarium ponownie ożywiło swą działalność religijną, odżył ruch pielgrzymkowy. W 1870 r. do Stoczka przybyli Misjonarze św. Wincentego a Paulo z Kolonii, jednak nie na długo. Po trzech latach, w wyniku Kulturkampfu musieli opuścić Stoczek. Opiekę nad sanktuarium objęli wówczas księża diecezjalni.

Po przeprowadzeniu gruntownych remontów w klasztorze zorganizowano diecezjalny dom rekolekcyjny, do którego przybywali początkowo sami księża, a potem różne grupy religijne i stanowe. Z czasem stała się konieczna rozbudowa klasztoru z powodu dużej liczby rekolektantów.

W roku 1920, 18 października, do Stoczka powrócili z prowincji śląskiej ojcowie franciszkanie. Po przyłączeniu Austrii do Niemiec w 1938 r. hitlerowcy w klasztorze stoczkowskim więzili biskupów austriackich.

Po zakończeniu II wojny światowej Stoczek wraz z Warmią ponownie znalazł się w granicach państwa polskiego. W 1949 r. bernardyni starali się objąć ponownie klasztor i zorganizować w nim życie religijne, jednak na skutek różnych trudności zaniechali pracy duszpasterskiej. Świątynią opiekował się proboszcz z Kiwit, a klasztor prawdopodobnie od 1952 r. przejęły władze państwowe. Jednak po słynnym październiku 1956 r. władze państwowe zwróciły diecezji warmińskiej. Biskup T. Wilczyński 13 marca 1957 r. powierzył sanktuarium w Stoczku księżom marianom, wysiedlonym przez władze komunistyczne z Bielan w Warszawie w 1954 r., którzy w latach 1954-1957 przebywali w Gietrzwałdzie w Domu NMP.

Księża marianie podjęli się wielu prac, doprowadzając świątynię do świetności. Odzyskała ona dawny charakter oraz splendor barokowy. Jednak dopiero 30 marca 1972 r. przekazano klasztor i świątynię na własność księżom marianom. Stoczek Klasztorny samodzielną placówką parafialną stał się 4 marca 1981 roku. Papież Jan Paweł II kościół Najświętszej Maryi Panny Matki Pokoju w Stoczku Klasztornym włączył w poczet Bazylik Mniejszych 19 maja 1987 roku.

Koronacji Obrazu dokonał Sługa Boży, Jan Paweł II na Jasnej Górze 19 VI 1983 roku.

Wielkim czcicielem i dobrodziejem Stoczka był Prymas Polski Kardynał Stefan Wyszyński. Internowany przez władze komunistyczne i uwięziony w opuszczonym i zimnym klasztorze w dniu 8 XII 1953 r. złożył akt osobistego oddania się Matce Bożej, który później rozszerzył na cały naród w postaci Ślubów Jasnogórskich ku czci Matki Bożej.