Parafia powstała 1.VII.1993 r. na mocy dekretu Ks. Arcybiskupa Edmunda Piszcza Metropolity Warmińskiego. Proboszczem Nowej Parafii został mianowany Ks. Władysław Szmul. Do nowej Parafii w Ostródzie zostało włączone Osiedle Plebiscytowe oraz miejscowości: Międzylesie, Warlity Wielkie, Mała Ruś i Zwierzewo. 1.VII. 1994 r. Ks. Arcybiskup do Parafii Św. Faustyny włączył kolejną miejscowość Lubajny i wydał (dekret) polecenie wybudowania Kościoła dla Parafian mieszkających w Zwierzenie i Lubajnach.

W związku z decyzją Ks. Arcybiskupa Parafia nasza podjęła się budowania dwóch kościołów: w Ostródzie i w Lubajnach. Budowa tych Świątyń, według projektów Pana inż. mgr Kazimierza Klimaszewskiego, została ukończona w 2000 roku.
Od 1.VI. 2005 r. z woli Ks. Arcybiskupa Edmunda Piszcza miejscowości: Zwierzewo i Lubajny stanowią osobna Parafię.

Do Parafii we wrześniu 1995r. zostały sprowadzone z Krakowa - Łagiewnik relikwie Świętej Faustyny. Główna Uroczystość Odpustowa odbywa się we wspomnieniu Św. Faustyny - 5.X. Święty Józef - Opiekun Świętej Rodziny jest drugim Patronem naszej Parafii.

Od czasu powstania Parafii został wzniesiony Kościół oraz Dom parafialny, Oratorium, budynek gospodarczy. Trwa obecnie stopniowe wyposażenie kościoła. Głównym zamiarem jest wykończenie czterech bocznych ołtarzy. W tym roku świątynia nasza po raz kolejny będzie odnowiona przez wymalowanie jej wnętrza. Kościół jest ogrzewany.

Parafia św. Faustyny Jest wliczona do Dekanatu Ostróda.
W skład dekanatu wchodzi 14 parafii:

• Brzydowo - parafia Najświętszej Trójcy
• Kajkowo - parafia św. Moniki
• Lubajny - parafia Świętego Benedykta Opata
• Ostróda - parafia Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny
• Ostróda - parafia Świętych Hiacynty i Franciszka
• Ostróda - parafia Świętego Dominika Savio
• Ostróda - parafia Świętego Franciszka z Asyżu
• Ostróda - parafia Świętego Jana Bosko
• Ostróda - parafia Świętego Marcina
• Ostróda - parafia Świętego Ojca Pio
• Ostróda - parafia Świętej Faustyny
• Reszki - parafia Miłosierdzia Bożego
• Stare Jabłonki - parafia Matki Boskiej Królowej Polski
• Tyrowo - parafia Świętego Wojciecha

kapłanami kierującymi dekanatem są:

• Dziekan - Ks. Prałat mgr Władysław Szmul
• Wicedziekan - ks. kanonik mgr lic. Wiesław Kaniuga
• Ojciec duchowny - ks. mgr Mariusz Grabas
• Dekanalny duszpasterz dzieci i młodzieży - ks. mgr Mariusz Grabas